La Iglesia se encuentra ubicada en el Casco Antiguo de la Ciudad de Panamá. En el año 1769 albergó la Sede de la Real Pontificia Universidad de San Javier de la Congregación de los Jesuitas. Sobre finales del siglo XIX, la construcción sufrió un incendio y un terremoto posterior, los cuales dañaron seriamente su cubierta y su estructura. Con el fin de revalorizar el este Sitio Histórico, se proyectan incorporar nuevas áreas con espacios adecuados para la exhibición del patrimonio cultural de la orden de los Jesuitas.

El Arq, Andres Schulman realiza el Diseño Conceptual del nuevo Museo como Especialista en Restauración Arquitectónica Urbana de UNOPS, (Oficina de las Naciones Unidas de Servicios para Proyectos). El edificio propuesto tiene un diseño contemporáneo, de estructura liviana y transparente para alojar las nuevas salas de exposición emplazado en forma exenta a los muros originales de la antigua Iglesia. Las circulaciones verticales y las áreas de apoyo se resuelven, también exentas, en un cuerpo existente lateral, vinculándose mediante puentes al edificio principal.